De afstammeling van de oorspronkelijke Amerikanen die eens een luitenant commandant van Starfleet was, diende zijn ontslag als instructeur bij de Advanced Tactical Training van Starfleet in 2370 in om zich bij de Maquis te voegen, gesterkt door zijn vaders dood die tegen de Cardassiers vocht op de thuiswereld van zijn stam naast de DMZ. Chakotay is een heer maar wel resoluut, en is één van de Maquis die vecht vanuit principe, niet om eigen gewin, net als één van zijn studenten, luitenant Ro Laren.

Vandaag de dag kijkt hij naar zijn spirituele Maya achtergrond voor innerlijke rust – en geeft er niet om om, indien gevraagd, zijn geloof met anderen te delen of zelfs tijdens goedbedoelde spot erover van onder andere Torres en Paris. Hij gebruikt een spirituele gids die hij oproept doormiddel van zijn medicijnenbuidel, bid om met zijn vader te praten voor advies en gebruikt een medicijnenwiel van de Maya voor zelfgenezing.

Hij had echter niet altijd zoveel eerbied voor zijn voorouders en hun manieren. Zijn vader Kolopak stond er op dat hij het thuis van zijn voorouders zou vinden en dit deed hij in de Central American jungle in 2344, toen Chakotay 15 was. Maar de jonge man had zijn lot al verzegeld bij Starfleet waar hij langs de grens zou gaan patrouilleren, en verbaasde zijn vader op die reis met het nieuws dat hij de stam zou verlaten om naar de Starfleet Academy te gaan nadat zijn nieuwe kennis kapitein Sulu aangeboden had hem te sponseren, zelfs al op zijn jonge leeftijd. De virtuele vervreemding tussen vader en zoon duurde tot 2371 toen Kolopak stierf. Chakotay besloot om zijn tatoeage te dragen, als teken van de afstammelingen uit de jungle, om zijn vader die het ook droeg te eren. Zelfs zijn nieuwe naam is een gekoesterde gift van zijn stam. Later kondigde Chakotay aan dat hij overwoog om archeologie als tweede bezigheid te nemen, hetzij in het veld of op een academy.

Bekende leden van de bemanning van Chakotay bij de Maquis zijn B’Elanna Torres, Lon Suder, Kurt Bendera, Kenneth Dalby, Mariah Henley, (voornaam onbekend) Ayala, (voornaam onbekend) Hogan, (voornaam onbekend) Jackson, de Bajorans Seska, Gerron en Jarvin, en een Boliaan genaamd Chell.

Met de geheim agent van de bemanning van kapitein Kathryn Janeway aan boord verdween het schip van Chakotay in de Badlands een week voordat het nieuwe schip van Janeway, de U.S.S. Voyager, zelf verdween op sterredatum 48307.5, vermoedelijk vernietigd.
 

Als tweede generatie Mexicaan-Amerikaan beschrijft Robert zijn afkomst als Latindio. Tijdens zijn middelbare school periode was hij betrokken bij sporten, honkbal en rugby, en het was pas toen hij aan zijn college begon dat hij dacht aan een carrière als acteur. Hij slaagde aan de Fresno State met als hoofdvak theater, waarvoor hij zeven jaar nodig had om dit te bereiken omdat, zoals hij tegen het publiek van een conventie vertelde, “er was altijd een nieuw toneelstuk op te voeren.”

Toen hij naar Los Angeles verhuisde kreeg Robert zijn eerste filmrol, een kleine rol in “Zoot Suit” van Luis Valdez. Zijn daarop volgende rol was de hoofdrol in de cultfilm “Eating Raoul” van Paul Bartel. Sindsdien heeft hij telkens werk gevonden in films, televisieserie’s en theater. Zijn huidige filmografie bevat 25 titels, waaronder de met een Oscar genomindeerde “Gaby”, het ware verhaal “Scenes” van de klassestrijd in Beverly Hills (ook een Paul Bartel film) en “Nixon” van Oliver Stone. Hij verscheen ook in “Night of the Comet”, één van die films die minstens net zo vaak op televisie verschijnt als “Star Wars”, “Rocky” en “Grease”. Voordat hij de rol van commandant Chakotay op zich nam, was hij te zien in “Veronica Clare” en “Models Inc.”. Eén van zijn beste optredens was als gastrol in een tweedelige aflevering van “Life Without Possibility”, een rol die hem een Emmy had moeten opleveren, maar dit niet deed. In het theater is hij te zien in producties van Luis Valdez; “El Teatro Campesino”, in het LA Theater Center, op het California Shakespeare Festival en anderen.

Omdat het theater zijn eerste liefde was en een passie bleef, richtte Robert de East LA Classic Theater Group op en dient daar als co-artistiek director, welke verbonden is met Cal State LA. Hij behoort ook tot het Classic Theater Lab, een samenstelling van professionele acteurs dat mede-producent was van “Hamlet” van Robert, dat te zien was van 11 april tot 11 mei 1997 in het Actor’s Gang Theater in Hollywood. Hij diende als mede-producent en director van deze goed ontvangen productie, en hij speelde er de hoofdrol.